软件不同，操作就不同，

FARO的便携式三坐标软件我没用过。所以我只能给你说大致的操作步骤：

你说的两个圆柱同心，我估计你指的是同轴度。

1，如果是同轴度，首先把两段圆柱测量出来。

2，计算同轴度，软件应该有行为公差的计算功能，注意在计算的时候，选择基准和检查元素，分别选择两段不同的圆柱，注意不能随便选择，要根据图纸的要求

当然具体一切还是看图纸，形位公差的测量非常的灵活，比如同轴度的测量方法就非常的多，有的适用，有的不适用，最好你发图纸上来，并且简要说明下产品是干什么的，大致的加工工艺，装配要求等等，光是软件操作很简单。

另外假如你是需要计算同心度，可以图纸要求的基准面建立坐标系，然后计算同心度