收到奏章后的宪宗也很震惊，觉得汪直确实是年少不懂事，打击面太大，有悖于自己征询内外，安定人心的笨本意，于是下旨关闭西厂，让汪直回御马监担任提督太监，西厂侦缉番役各返本卫。

不过一个月后，习惯了西厂不断奏报秘闻的宪宗，总感觉没有汪直平日里的汇报消息，自己没有安全感和耳目不灵，很是不安心。监察御史戴缙得知宪宗心思后，为迎奉皇帝，于是主动上疏，以汪直办事得力、功效卓著为名，提请重开西厂。

宪宗得奏报后大喜，不顾内阁辅臣的反对，立刻召回汪直，恢复西厂。汪直因此复出，更加卖力办案，戴缙因此得以升职为尚宝少卿、右佥都御史、右副都御史，右都御史，最后升任南京工部尚书。

第二次出任西厂提督后，汪直或许是吸取了之前的教训，对于西厂的巡捕查探之事稍微收敛，不再像之前一样肆无忌惮，倒是没有大兴要案，西厂因此略显平静。

此外，汪直在其他边事上倒是颇有功勋，成化十五年（1479年），监军辽东平定建州三卫（也就是之后清朝的祖先）犯边，以功加禄米三十六石，并总督京营十二团营，明代禁军专掌于内臣，由汪直首开先河。

成化十六年（1480年），鞑靼入寇河套，宪宗令出兵抵挡，还是用汪直监军，与兵部尚书王越一起提督军务，王越汪直率精骑在威宁海突袭鞑靼，斩获大胜。鞑靼达延汗巴图蒙克（小王子）单人逃脱，其妻满都海战死。因此功王越封威宁伯，汪直加再禄米四十八石。

此后汪直大多在大同为镇守监军，负责边事，而西厂用事逐渐不能兼顾。在边塞，汪屡立军功，禄米曾一次加三百石（太监没有品秩，只能加禄米，以十二石为一级，汪直一下子加了三百石，空前绝后，是有明一代的记录）。

不过汪直久镇在外，逐渐疏离宪宗，宠幸不再。这个时候又由于朝中权力斗争，内臣也互相攻讦，东厂提督尚铭一直嫉妒汪直受宠，趁汪直被宪宗疏远之际上奏弹劾其擅权妄为。宪宗也觉得汪直用事有跋扈难制的苗头，于是在成化二十年（1484年）将其改任南京御马监太监，后又降为奉御，打发他离开了政治中枢，西厂也随之撤销，这一年的汪直不过二十出头。从此汪直基本销声匿迹，十多年后，弘治十一年（1498年），明孝宗再次将汪直召回京师，不过以后史书上就再也没有他的消息了。

西厂自成化二十年（1484年）撤销后，在正德元年（1506年）再次重开。

明武宗十五岁继位，尚不成熟，为了掌控权力，在亲信太监刘瑾的怂恿下，于原有锦衣卫、东厂之外，再设西厂。不过因为刘瑾之后设立内行厂，正德时期的西厂，权势大不如先，行事也较低调，没有成化时汪直用事时的风光和气焰。

原本刘瑾以为自己可以担任西厂厂公，但是武宗却以另一亲信太监谷大用为提督东厂。刘瑾弄巧成拙，气急败坏，不甘心为他人做嫁衣，于是蛊惑武宗，在锦衣卫、东厂、西厂之外，更设立内行厂，自任提督。

内行厂地位在锦衣卫、东厂、西厂之上，自成系统。侦缉范围除锦衣卫、东厂、西厂原有职责以外，还特别负有监察锦衣卫、东厂、西厂等之权。形成了锦衣卫侦缉官民，东厂巡查官民及锦衣卫；西厂与东互相纠差，而内行厂则监管一切官民和厂卫的局面。

刘瑾借执掌内行厂，哄骗欺瞒武宗，利用其年轻贪玩的个性，欺上瞒下，独断专行，打击报复之前弹劾他的内外诸臣，杀死了原任东厂提督王岳，撺掇武宗免去内阁大学士刘健、谢迁官职，结党营私。权倾天下，号称“立皇帝”。不过在争权夺利中，刘瑾也得罪了很多人，包括宦官内部的重要人物。

正德五年（1509年），在平定宁夏安化王叛乱中，领兵的都御史杨一清和监军太监张永因为都被刘瑾打击报复过，遂商议达成了除掉刘瑾的计划。平叛之后，借回京献俘的机会，向武宗揭露了刘瑾罪状，并一一举出证明。

武宗起先不信，后来在阁臣李东阳的进言下，武宗终于同意审讯刘瑾。审讯抄家中，刘瑾家中查出金银数百万两，并有伪玺、玉带等违禁物。尤其是在他平日里经常拿着的扇子中也发现藏有匕首。武宗得见后大怒，确定刘瑾想谋反，于是下诏，将刘瑾凌迟处死。

刘瑾死后，其所创立的内行厂被废除，而同时设立的西厂，也一并关闭，以后再也没有重开。之后一百多年里，明朝只有锦衣卫、东厂两个侦缉机构，伴随皇权共生共存，直到社稷覆灭，一同走入历史。

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